Edición de «Guia de Usuario»

Para ingresar al cluster Abacus-I, se cuenta con dos nodos de servicio disponibles descritos de acuerdo con la siguiente tabla:

{|align="center" border="1" cellpadding="10" 
|-align="center" 
|style="background:Gainsboro; color:black"|'''Nodo'''||style="background:Gainsboro; color:black"| '''Nombre de Dominio'''||style="background:Gainsboro; color:black"| '''Dirección IP'''

|-align="center" 
| service0||''s0.edomex.cinvestav.mx''||''148.247.115.10''

|-align="center"
| service1||''s1.edomex.cinvestav.mx''||''148.247.115.11''

|}

De forma general utilizando SecureShell (SSH), tanto en en clientes Linux como MAC, puede ejecutarse en la terminal el siguiente comando:

    ''$ ssh usuario@s0.edomex.cinvestav.mx'' 

En este caso se utiliza el nombre de dominio del nodo de servicio "service0". De la misma forma, es posible utilizar la direccion ip, es decir:

    ''$ ssh usuario@148.247.115.10'' 

Finalemente, para el caso de clientes Windows es posible utilizar aplicaciones tales como [http://www.putty.org/ PUTTY].
=== Primer ingreso ===
----
Al ingresar por primera vez a su cuenta en el Cluster Abacus-I le pedira cambie la contraseña, después de ingresar su contraseña actual (Current) le pedira ingresar la nueva contraseña (New password) y posteriormente que confirme dicha contraseña (Retype new password), después de esto la conexion se cerrara y podra ingresar con la nueva contraseña. 

 ''[daniel@laptop-daniel ~]$ ssh dortizg@148.247.115.10
 ''dortizg@148.247.115.10's password: 
 ''You are required to change your password immediately (root enforced)
 ''Last login: Mon Jan  9 13:00:58 2017 from 148.247.115.6
 ''
 ''   ###    ########     ###     ######  ##     ##  ######          #### 
 ''  ## ##   ##     ##   ## ##   ##    ## ##     ## ##    ##          ##  
 '' ##   ##  ##     ##  ##   ##  ##       ##     ## ##                ##  
 ''##     ## ########  ##     ## ##       ##     ##  ######  #######  ##  
 ''######### ##     ## ######### ##       ##     ##       ##          ##  
 ''##     ## ##     ## ##     ## ##    ## ##     ## ##    ##          ##  
 ''##     ## ########  ##     ##  ######   #######   ######          #### 
 ''
 ''		
 ''			****	AVISOS	  ****
 ''
 ''	Para documentacion sobre el uso del Cluster visita:
 ''
 ''	  http://wiki.edomex.cinvestav.mx/index.php/Guia_de_Usuario
 ''	
 ''	Tambien puedes abrir un ticket en:
 ''
 ''	  http://support.edomex.cinvestav.mx/
 ''
 ''WARNING: Your password has expired.
 ''You must change your password now and login again!
 ''Changing password for user dortizg.
 ''Changing password for dortizg.
 ''(current) UNIX password: 
 ''New password: 
 ''Retype new password: 
 ''passwd: all authentication tokens updated successfully.
 ''Connection to 148.247.115.10 closed.
 ''[daniel@laptop-daniel ~]$ ssh dortizg@148.247.115.10

=== Administración de recursos ===
----
El scheduler utilizado en el cluster es [http://slurm.schedmd.com/ SLURM]. SLURM administra recursos tales como CPU, sockets, threads, RAM, tiempo, GPU's, etc. 

Es importante mencionar que los nodos de CPU y GPU estan divididos en dos particiones: ICE y GPU, que pueden mostrarse mediante el comando ''sinfo''. Este comando además, muestra los nodos en estado disponibles (''idle''), los nodos que estan siendo utilizados por otro trabajo (''alloc'') y los nodos que no estan disponibles para los usuarios (''down'').

 ''[root@service0 ~]# sinfo 
 ''PARTITION AVAIL  TIMELIMIT  NODES  STATE NODELIST
 ''abacus*      up   infinite    318   up   r1i0n[0-17],r1i1n[0-15],r1i2n[0-17],r1i3n[0-14],r1i4n[0-17],r1i5n[0-15],r1i6n[0-17],r1i7n[0-14],
 ''                                     r2i0n[0-17],r2i1n[0-15],r2i2n[0-17],r2i3n[0-14],r2i4n[0-17],r2i5n[0-2,4-15],r2i6n[0-17],r2i7n[0-14],
 ''                                         service[2-51]
 ''test         up   infinite      5   up   r1i0n[0-17],r1i1n[0-15],r1i2n[0-17],r1i3n[0-14],r1i4n[0-17],r1i5n[0-15],r1i6n[0-17],r1i7n[0-14],
 ''                                     r2i0n[0-17],r2i1n[0-15],r2i2n[0-17],r2i3n[0-14],r2i4n[0-17],r2i5n[0-2,4-15],r2i6n[0-17],r2i7n[0-14],
 ''                                         service[2-51]


Asimismo, este scheduler utiliza comandos tales como [[SBATCH]] y SRUN en favor de encolar trabajos en el cluster. Ejemplo:

    ''$ sbatch < example.slurm''

Ademas, es importante mencionar que en el momomento que se crea la cuenta en el cluster, un script de slurm es presentado dentro del directorio ''home'' del usuario, este script contiene la siguiente informacion

    ''#!/bin/bash''
    ''# DEFINE EL NUMERO DE NODOS''
    ''#SBATCH -N 1''
    ''# DEFINE EL NUMERO DE PROCESADORES "THREADS"''
    ''#SBATCH -n 14''
    ''# DEFINE LA PARTICION DONDE CORRERAN LOS TRABAJOS "test PARA PRUEBAS Y abacus PARA OTRO"''
    ''#SBATCH --partition=abacus''
    ''# DEFINE EL DIRECTORIO DE TRABAJO''
    ''#SBACTH -D /lustre/home/Cinvestav/Computacion/matrices/larivera/''
    ''# DEFINE EL TIEMPO DE EJECUCION "INDISPENSABLE DEFINIR days-hours:minutes:seconds"''
    ''#SBATCH --time=6-00:00:00''
    ''# NOMBRE DEL ARCHIVO DE SALIDA DE ERROR''
    ''#SBATCH –error=myjob%J.err''
    ''# nOMBRE DEL ARCHIVO DE SALIDA ESTANDAR''
    ''#SBATCH –output=myjob%J.out''<br />
    ''## AQUI SE DEFINEN LOS COMANDOS NECESARIOS PARA LANZAR TU TRABAJO''<br />
    ''mpicc job.c -o myjob''
    ''mpirun -n 14 myjob''

En favor de conocer el estado del trabajo enviado al cluster se utiliza el comando ''squeue''; por ejemplo:

    ''$ squeue''
    ''JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON)''
    ''4220 abacus sbatch larivera R 1:40:06 1 r1i0n0''
    ''4221 abacus sbatch larivera R 1:40:06 1 r1i0n0''
    ''4222 abacus sbatch larivera R 1:40:06 1 r1i0n0''
    ''4223 abacus sbatch larivera R 1:40:06 1 r1i0n0''
    ''4224 abacus sbatch larivera R 1:40:06 1 r1i0n1''  
    ''4225 abacus sbatch larivera R 1:40:06 1 r1i0n1''

Como puede observarse, la salida del comando muestra el JOBID, la partición(cola de ejecucion), el usuario que envio el trabajo, el estado del trabajo(en este caso R, es decir, ejecutandose), el tiempo que lleva en ese estado y, el nodo en el que esta corriendo o la razon por la que se encuentra en un estado diferente a R.

Para detener un trabajo en ejecución o en estado de espera, se utiliza el comando ''scancel'', seguido del JOBID; por ejemplo:
    
    ''$ scancel 4220''

Ademas, cada usuario presenta diferentes requisitos de acuerdo con las aplicaciones y versiones. De esta manera, en favor de que puedan existir diferentes versiones de aplicaciones, se utiliza ''Environment Modules'', el cual se describe en favor de administrar el tipo de compiladores,(''ICC(intel) y GCC(gnu)''), las versiones (''CUDA 6.0,CUDA 6.5 y CUDA 7.0'') y las aplicaciones y bibliotecas. 

En caso de conocer las aplicaciones instaladas en Abacus-I puede ejecutarse el comando:

    ''$ module avail''

La salida de esta comando, mostrara las aplicaciones disponibles dentro del cluster. Asimismo, en favor de conocer si esta presente un modulo en especifico, puede ser de utilidad el comando:

    ''$ module list''

Finalmente, para cargar una aplicación puede ejecutarse el comando:

    ''$ module load NOMBRE DE LA APLICACION''

En caso de nececitar soporte técnico, por favor visita la pagina de [http://support.edomex.cinvestav.mx/ soporte] de Abacus-I, en la cual es posible presentar la descripción del problema o duda que se presente. Es importante mencionar que, unicamente se revisarán casos de usuarios registrados en el sitio web; en caso de nececitar ayuda con el regsitro, puede consultarse la [[Guia de Soporte]].